Este trabalho estuda o impacto de alinhamento político em transferências intergovernamentais destinadas ao Sistema Único de Saúde Brasileiro (SUS). Foram analisadas tanto transferências fundo a fundo quanto transferências discricionárias utilizando quatro critérios de alinhamento político. Para a análise empírica foi utilizado o método de regressão com descontinuidade em eleições municipais apertadas no período de 2001 a 2017. Os principais dados foram obtidos pelo Tribunal Superior Eleitoral (TSE) e pelo Ministério da Saúde. Os resultados encontrados indicam que há um efeito positivo e significante de alinhamento partidário nas duas categorias de transferências, principalmente em transferências discricionárias. O efeito de alinhamento partidário direto, ou seja, prefeito e presidente são do mesmo partido é maior do que o estabelecido a partir das coligações criadas em eleições municipais e federais. O estudo indica que o aspecto descentralizador do SUS promove a utilização dos recursos públicos com viés político sob o aspecto clientelista e não somente o de promoção de saúde.